Resumen

• Premisa del estudio: La incongruencia filogenética entre “árboles genéticos” y “árboles de especies” ha sido ampliamente reconocida en la investigación filogenética. Los conflictos pueden surgir de varios procesos, entre ellos la paralogía, la hibridación y la clasificación incompleta de linajes. Aunque la incongruencia filogenética parece común, su impacto en muchos análisis basados en la filogenia sigue siendo poco comprendido. • Métodos: Examinamos la ocurrencia de conflictos filogenéticos entre loci nucleares (ITS del ribosoma) y plástidos ( intrón rbcL , trnL - F , rpl20 - rps12 y rps16 ) en la antigua familia de angiospermas Chloranthaceae. Luego investigamos cómo el conflicto filogenético se relaciona con la clasificación taxonómica dentro de la familia, así como con las inferencias sobre la historia biogeográfica, la evolución floral y las medidas de diversidad filogenética (PD). • Resultados clave: Encontramos evidencia de una incongruencia filogenética significativa entre los datos nucleares y de plástidos en el género Hedyosmum . Dentro de Hedyosmum , nuestros resultados no respaldaron la clasificación subgenérica previa del género. La división de secciones dentro del subgénero Tafalla fue respaldada por los datos ITS pero no por el conjunto de datos de plástidos. Como consecuencia, demostramos que inferir la evolución de caracteres florales clave y la historia geográfica dentro de Hedyosmum depende de los datos filogenéticos utilizados. Ambos conjuntos de datos produjeron medidas de PD similares en todos los géneros, pero encontramos medidas de PD contrastantes en Hedyosmum , incluso después de corregir la heterogeneidad de la tasa. • Conclusiones: Nuestro estudio demostró que el conflicto filogenético no sólo afecta la inferencia de las relaciones entre organismos sino que también impacta nuestra comprensión de la historia biogeográfica, la evolución morfológica y la diversidad filogenética.